他独自接下任务，带领暗部抓捕大蛇丸，但最后他还没能狠心，放走了大蛇丸。第二天，忍界就得知了振奋人心的消息，木叶三忍之一的大蛇丸叛逃，被木叶下达S级通缉令。
紧接着，惊闻大蛇丸叛逃的自来也一言不发，跟着离开了木叶。也许是看出了什么，自来也走得时候很潇洒，面对猿飞日斩的极力挽留，他只是笑了笑。临别前，自来也告诫水门要成为伟大的火影，询问杜克是否和他一同离开，遭到拒绝后，便头也不回走了。