由于没有两派从中角力，所以巨盗徐惟学一案很快便由三法司会审完了，施浩然以及一众加入白莲教的官员全部被判抄家杀头，就连与施浩然有姻亲关系的成国公朱辅也被罚俸三年，而扬州知府江平被判腰斩，家中男丁全部发配充军，女眷则没籍教坊司。
吏部尚书乔宇虽然查明与巨盗徐惟学一案无关，但是有失察之过，朱厚熜抓住这一点，硬是免了他的吏部尚书一职。
乔宇在这件事上确实存在过失，所以杨党最终也保不住他，最后经过一番讨价还价，改调南京吏部尚书杨旦入京顶替了乔宇。