当然是那个新罗僧人所为。
实际上，如果进行推断的话，可以认为这是一个有预谋的盗窃事件。新罗僧人入悟真寺，就是冲着宝物来的。他伪装得太成功了，欺骗了所有人。当这一天，寺内众僧下山参加一个活动而让他留守寺院时，他趁机溜入千佛殿西堂下，将装有骷髅宝物的石盒窃走。
宝物失窃后，悟真寺派人多方追查新罗僧人，朝廷也参与了追捕，但最终一无所获。后来得知：那僧人在得到宝物后，没敢在大唐停留，而是一路夜行，渡海归国了。